Ribosomal RNA (rRNA) intergenic spacerundersøgelse (RISA) er en handling af mikrobiel samfundsundersøgelse, der giver et middel til at sammenligne forskellige miljøer eller behandlingsvirkninger uden den bias, der pålægges af kulturafhængige fremgangsmåder. Denne type undersøgelse benævnes ofte fællesskabsfingeraftryk. RISA involverer PCR amplificering af et område af rRNA-genoperonet mellem de små (16S) og store (23S) underenheder kaldet det intergeniske spacer-område ISR.
Ved at bruge oligonucleotidprimere målrettet mod konserverede regioner i 16S og 23S generne, kan RISA fragmenter genereres fra de fleste af de dominerende bakterier i en miljøprøve. På den anden side tjener størstedelen af rRNA-operonet en strukturel tjeneste, dele af det 16S-23S intergene område kan kode tRNA'er afhængigt af bakteriearten. Imidlertid ligger den taxonomiske værdi af ISR i den betydelige heterogenitet i både længde og nukleotidkoncatenation. I RISA forsøger vi at udnytte ISR's længdeheterogenitet, som har vist sig at ligge mellem 150 og 1500 bp, med størstedelen af ISR-længderne mellem 150 og 500 bp.
Billede 250A | Generelt omvendt northern blot under anvendelse af cDNA fra en testprøve og et SSH-bibliotek. Overekspression af transkripter i testprøve vises som mørkere prikker på membranen Cddouglas2 / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Revnorthern1.jpg) from Wikimedia Commons
Forfatter : Yavor Mendel
Kommentarer
Send en kommentar