Forkert orienterede contigs er til stede i referencen genomer med signifikante hastigheder (eks. 1% i musen referencen genom). Strand-seq kan på konventionelle sekventeringsmetoder afsløre disse forkeringer. Der er forkert orienterede kontige, hvor strengarv ændres fra en homozygot tilstand til den anden (f.eks. WW til CC eller CC til WW). Derudover er denne tilstandsændring synlig i hvert Strand-seq-bibliotek, hvilket styrker tilstedeværelsen af en forkert orienteret kontig.
Identificering af ikke-tilfældig adskillelse af søsterchromatider
Før 1960'erne blev det antaget, at søsterchromatider blev adskilt tilfældigt i datterceller. Dog er der ikke siden tilfældig adskillelse af søsterchromatider blevet observeret i pattedyrceller. Der er blevet foreslået et par hypoteser for at forklare den ikke-tilfældige adskillelse, herunder det udødelige Strand-postulat og det stille søster-postulat, hvoraf den ene forhåbentlig kan verificeres ved metoder, der involverer Strand-seq.
'' Udødelig strandhypotese ''
Billede 263A | Outputet fra BAIT, der viser læstællingerne for både Watson (W, grøn) og Crick (C, blå) strenge. Hver læseopregnet bjælke viser antallet af analyser, der er justeret til en bestemt 200 kb bin i referencegenomet. Herfra udledes arvering af forældreskabelstreng. Såfremt hvis begge kopier af et kromosomalt segment på 200 kb i dattercellen blev syntetiseret fra Watson-skabelonstrenge i overordnede celle, ville dette blive repræsenteret af en stor grøn bjælke, der angiver rent W-linie i det kromosomale område. Skift mellem homozygote og heterozygotilstande i arvelinering af skabelonstreng tolkes også som søsterchromatidudvekslinger (SCE'er). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Forfatter : Yavor Mendel
Kommentarer
Send en kommentar