SMRT-sekventering er baseret på sekvenseringen ved syntese, der skal foreligge. Den DNA syntetiseres i nul-mode bølgeledere (ZMWs) - lille godt-lignende beholdere med indfangningsproceduren værktøjer placeret ved bunden af brønden. Sekventeringen udføres ved anvendelse af umodificeret polymerase (bundet til ZMW-bunden) og fluorescerende mærkede nukleotider, der flyder frit i opløsningen. Brøndene er konstrueret på en måde, hvor kun fluorescensen, der forekommer ved bunden af brønden, detekteres. Den fluorescerende etiket løsnes fra nukleotidet efter inkorporering i DNA -strengen, hvilket efterlader en umodificeret DNA streng. I henhold til Pacific Biosciences (PacBio), SMRT-teknologiudvikleren, tillader denne metodologi påvisning af nukleotidmodifikationer (såsom cytosinmethylering). Dette sker gennem bemærkningen om polymerasekinetik. Dette er til rådighed tillader analyser af 20.000 nukleotider eller mere med en gennemsnitlig læselængde på 5 kilobaser. I 2015 annoncerede Pacific Biosciences lanceringen af et nyt sekvenseringsinstrument kaldet Sequel System med 1 million ZMW'er sammenlignet med 150.000 ZMW'er i PacBio RS II instrumentet. SMRT-sekventering kaldes "tredje generation" eller "længe" sekventering.
Billede 151A | Flere, fragmenterede sammenkædingsanalyser skal samles på grundlag af deres overlappende områder. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) fra Wikimedia Commons
Forfatter : Milos Pawlowski
Kommentarer
Send en kommentar