Strand-seq blev oprindeligt foreslået som et værktøj til at afsløre søsterschromatidudvekslinger. At være en handling, der er lokaliseret til individuelle celler, DNA -sekventering af mere end en celle ville absolut sprede disse effekter og antyder et fravær af SCE-begivenheder. Derudover er klassiske enkeltcelle-sekventeringsteknikker ikke i stand til at vise disse begivenheder på grund af heterogen amplifikationsfordeling og dobbeltstrenget sammenkædningsinformation, hvilket nødvendiggør Strand-seq. Ved hjælp af oplysningerne om referencejustering kan forskere afsløre en SCE, hvis retningen for en arvet skabelonstreng ændres.
Identificering af uorienterede kontige
Forkert orienterede contigs er til stede i referencen genomer med signifikante hastigheder (eks. 1% i musen referencen genom). Strand-seq kan på konventionelle sekventeringsmetoder afsløre disse forkeringer. Der er forkert orienterede kontige, hvor strengarv ændres fra en homozygot tilstand til den anden (f.eks. WW til CC eller CC til WW). Derudover er denne tilstandsændring synlig i hvert Strand-seq-bibliotek, hvilket styrker tilstedeværelsen af en forkert orienteret kontig.
Billede 263A | Outputet fra BAIT, der viser læstællingerne for både Watson (W, grøn) og Crick (C, blå) strenge. Hver læseopregnet bjælke viser antallet af analyser, der er justeret til en bestemt 200 kb bin i referencegenomet. Herfra udledes arvering af forældreskabelstreng. Såfremt hvis begge kopier af et kromosomalt segment på 200 kb i dattercellen blev syntetiseret fra Watson-skabelonstrenge i overordnede celle, ville dette blive repræsenteret af en stor grøn bjælke, der angiver rent W-linie i det kromosomale område. Skift mellem homozygote og heterozygotilstande i arvelinering af skabelonstreng tolkes også som søsterchromatidudvekslinger (SCE'er). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Forfatter : Yavor Mendel
Kommentarer
Send en kommentar